在疯狂足球迷案件结束，月台上灰原哀得到柯南还会继续保护她的话语后。
两个星期后的晚上，东京正在下着下雨，阿笠博士家，灰原哀正在不断敲击的键盘，面前的电脑上有着复杂的化学公式。
“怎么会这样？明明已经完成了。”
灰原哀电脑旁的桌面上，有着一张照片，照片上是阿笠博士和少年侦探队五人，她虽然没有张开嘴巴，但也露出了笑容。
“为什么从前快乐的时光，现在却要变成痛苦的回忆？不过，一切都无法再重来。”
灰原哀背后，有一名身材极为高大，穿着西装的黑衣人，将惊慌失措的阿笠博士给拖走。
灰原哀转头撇了一眼，继续敲击的键盘，“只能再继续了，不能让任何人为我受伤...”
第二天放学，柯南，元太，光彦，步美撑着伞来阿笠博士家找灰原哀，灰原哀今天请假，而且最近也好像有些不对劲。
“奇怪，没人来开门，是在睡觉吗？还是出去了？”
柯南喃喃一句，他虽然有阿笠博士家的钥匙，但也不可能会随时随地带着。
光彦道:“对了，现在正好在下雨，大家一起来找雨云公爵吧！”
“听说只要下雨，就会突然出现一栋黑色房子，有个神秘的黑衣怪人住在雨云馆，所以大家称他为雨云男爵，还有他的部下蛞蝓怪人。”
黑色的房子...黑色的衣服...
柯南有些敏感了起来，怀疑这是不是黑衣组织那些人为了找出自己搞出来的...
之后柯南，元太，光彦，步美开始寻找雨云馆。
“我记得就在这附近才对呀。”
步美问道:“真的只要下雨就会出现吗？”
光彦道:“嗯，传闻就是这样说的。”
“话说元太，你有没有认真找？从刚才起就一直在吃东西。”
元太一手汉堡一手可乐道:“只是顺便而已嘛，我当然有认真找了。”
之后元太因为想吃可丽饼，带三人走了另一路，来到一处小巷。
不过可丽饼路边贩卖摊，因为下雨没有摆出来。
咦?等等！
柯南突然注意小巷缺口，前方建筑在一片小森林中，一栋漆黑的建筑。
只要下雨就会移动...平常可丽饼车子都会停在这里...那只要我站在这個地方，或许就会。
柯南朝着停着可丽饼车子的道路内走去，身边是小森林和其它高大的建筑，来到一处铁栏杆前，铁栏杆内，这栋差不多三层的房子，因为下雨光线很暗的原因，已经变得漆黑一片。
“我知道了，这栋房子就是雨云馆，晴天的时候，可丽饼的车子停在通往这栋房子的入口处，阻隔了唯一能看到雨云馆的方向，等到晚上车子开走后，又被夜色同化看不见，所以大家只有在下雨天才能看到这种房子。”
“至于那雨云公爵，应该只是一般人吧。”
“啊！！灰原！！”
话落，柯南，元太，光彦，步美四人纷纷长大嘴巴，因为面前漆黑的房子的窗口处，灰原哀站在那里，他的身旁还有一位穿着黑色服饰，留着大胡子，一脸严肃的老人。
元太颤声道:“喂，那位老人一定是雨云公爵...”
柯南脸色严肃了起来，难道...难道是黑衣组织...为什么灰原...
柯南拨通阿笠博士电话，但对面根本没有人接电话，他迫切的想要知道一切，他不相信灰原哀会背叛他。
但阿笠博士家并没有人接。
光彦，步美和元太疑惑道:“到底怎么回事？灰原同学好像一直在研究什么，笔记本里记着的都是一些我不知道的单词，还喃喃自语的说快完成了。”
柯南大惊，立刻顺着铁栏杆爬了进去，因为过于震惊自己内心的猜测，连元太，光彦，步美都没搭理。
“柯南等等！你要进去吗？”
“我去一下，你们先回去吧。听好，绝对不准进来！！”
雨云馆的院子内极为奇怪，有很多姿态怪异的雕像，配合淅淅沥沥下着的小雨，昏暗的天色，更添几分阴森。
“要怎么潜入呢？如果真的是黑衣组织...”
柯南待在一个雕像后面思索，突然发现面前的雕像上有一只蜗牛慢慢往上爬。
“如果能像这只蜗牛一样慢慢往上爬就能从烟囱进去了，你是这么想的吧?柯南。”
后方声音响起，柯南转过头，是元太，步美，光彦三人笑嘻嘻的看着他。
光彦道:“柯南你太见外了，我们可是少年侦探队，”
柯南沉声道:“你们到底在做什么？这次的对手和至今为止遇到的凶狠的犯人都不同！！如果一个不小心，我们分分钟都会没命的！！”
“我们不要紧的，为了帮柯南进去。”
“我们假装进去借厕所，然后把窗户的锁打开。”
光彦，步美刚说完，元太的肚子突然咕咕叫起来，脸上浮现痛苦之色，然后飞快朝着房子跑去。
“刚才吃吃喝喝的，现在好想上厕所啊！！”
“喂，你等一下！”
元太，光彦，步美三人对着